Le microbiome - notre deuxième génome

Les microbes commensaux au niveau de la peau et de la muqueuse jouent un rôle clé dans la régulation du système immunitaire et le maintien de la santé. Les influences qui entraînent une modification de la composition du microbiome et réduisent sa diversité peuvent avoir des effets pathogènes. Cela a été bien étudié pour la dermatite atopique, mais il existe également des résultats récents pour de nombreuses autres maladies dermatologiques et autres.

Le microbiome humain décrit l’ensemble des micro-organismes qui colonisent le corps d’une personne. Les muqueuses et la peau sont colonisées par des microbes commensaux en grand nombre et en grande variété, avec lesquels elles forment une unité symbiotique. Il est de plus en plus clair que l’homme est influencé par les micro-organismes sous une forme complexe, que le système immunitaire interagit avec le microbiome et qu’il existe des liens avec différents types de maladies. Le fait que la composition du microbiote varie fortement en fonction de la région de la peau explique en partie la prédisposition de certaines dermatoses (p. ex. acné, dermatite atopique, psoriasis). Les méthodes modernes de génétique moléculaire permettent d’analyser rapidement et efficacement l’ADN des microbes commensaux. La méthode PCR (réaction en chaîne par polymérase, “polymerase chain reaction”) permet de détecter l’ADN de toutes les bactéries (microbiome) et de tous les champignons (mycobiome).

Qu’est-ce qui affecte le microbiome ?

De nombreux facteurs peuvent affecter la colonisation microbienne (figure 1), notamment le fait de naître par césarienne ou par voie naturelle, le type d’alimentation, les expositions antérieures, le génotype, les conditions climatiques, le mode de vie et les médicaments. La composition du microbiote évolue au cours du développement. Cela peut également expliquer pourquoi la peau d’un jeune enfant réagit différemment au cours des premiers mois de sa vie [1]. Il existe également des résultats montrant que les enfants nés par césarienne ont une plus grande tendance à l’obésité et à l’atopie (asthme, dermatite atopique). “Les maladies atopiques sont fortement liées à la colonisation du microbiote cutané et intestinal”, explique le professeur Peter Schmid-Grendelmeier, responsable du service d’allergologie de l’hôpital universitaire de Zurich [1]. Dans une étude, l’analyse du microbiote dans les selles a permis de déterminer si une personne souffrait d’obésité ou d’asthme [2]. Un traitement antibiotique peut également modifier la composition de la flore intestinale et contribuer à une tendance à l’asthme.

Dermatite atopique : les staphylocoques réduisent la diversité microbienne

“Un microbiome largement diversifié dans l’intestin et sur la peau est associé à la santé”, explique le conférencier [1]. Une colonisation staphylococcique typique de la dermatite atopique s’accompagne d’une réduction de la diversité microbienne, ce qui est corrélé aux exacerbations de la dermatite atopique [3]. Au niveau cellulaire, les staphylocoques présents sur la peau stimulent les cellules T présentatrices d’antigènes et les cellules dendritiques, ce qui entraîne la formation d’IgE et l’affaiblissement de la fonction de barrière de la peau, déjà réduite. La cytokine IL31, un important facteur prurigineux fortement impliqué dans le prurit dans la dermatite atopique, est hautement régulée. En outre, il y a une stimulation des lymphocytes cutanés présentant des antigènes, ce qui entraîne l’attraction des cellules T dans la peau et favorise le maintien de l’inflammation. La relation de cause à effet de l’augmentation du nombre de staphylocoques observée aux dépens d’autres microbiotes dans la peau atopique n’est pas encore totalement élucidée. On ne sait pas exactement si la perturbation de la flore microbienne entraîne une augmentation de la croissance des staphylocoques ou si les modifications inflammatoires de la peau survenant dans le cadre d’une poussée naissante créent des conditions particulièrement favorables aux staphylocoques. Selon le professeur Schmid-Grendelmeier, il existe également de nombreuses études sur ce sujet chez les enfants, car elles sont assez faciles à réaliser. L’analyse du microbiome est possible à partir d’un frottis non invasif ou d’un échantillon de selles. L’une des études a démontré que l’utilisation d’émollients avait un effet positif sur le microbiome de la peau et la barrière cutanée, ce qui devrait être pris en compte dans une stratégie de traitement préventif de la dermatite atopique [4]. En ce qui concerne les animaux domestiques, il a été démontré que les enfants qui ont eu des chiens dans leur environnement au cours de leur première année de vie sont moins susceptibles de développer une dermatite atopique – à condition que les chiens puissent également sortir et apporter ainsi une certaine charge microbienne dans les habitations [5,6]. Cette connaissance n’est pas très ancienne, il y a dix ou quinze ans, l’opinion dominante était que les animaux domestiques devaient être strictement évités chez les personnes atopiques [5].

Étude du microbiome dans de nombreuses autres maladies

Comme nous l’avons mentionné au début, de nombreux projets de recherche sur le microbiome sont en cours. L’hôpital universitaire de Zurich, entre autres, participe à l’étude ProRAD. L’un des objectifs est d’étudier la phase de rémission chez les patients atteints de dermatite atopique et d’autres maladies associées aux allergies (encadré) [7]. Des publications récentes portent également sur le rôle du microbiome dans la cicatrisation des plaies [8], les cancers cutanés mélanocytaires [9] et le psoriasis/PsoA [10]. En outre, on suppose que le microbiome intestinal, tout comme le mycobiome, qui est encore beaucoup moins étudié , a une influence sur de nombreuses autres pathologies [11]. Selon les recherches actuelles, c’est le cas par exemple de la sclérose en plaques, de l’artériosclérose, du diabète sucré de type 2, du syndrome du côlon irritable, de l’obésité et des maladies du foie ou encore des tumeurs. Même si la recherche sur le microbiome a apporté quelques nouvelles connaissances ces dernières années, certaines questions restent encore sans réponse.

Source : ZDFT 2020

Littérature :

Schmid-Grendelmeier P : Cas cliniques issus de la pratique. Le microbiome de la peau. Peter Schmid-Grendelmeier, Journées de formation continue en dermatologie de Zurich (ZDFT), 14/15.05.2020.
Michalovich D, et al : L’obésité et la sévérité de la maladie magnifient les interactions microbiome-immunité perturbées chez les patients asthmatiques. Nat Commun 2019 ; 10 : 5711.
Kong HH, et al : Changements temporels dans le microbiome cutané associés aux flambées de la maladie et au traitement chez les enfants atteints de dermatite atopique. Genome Res 2012 ; 22(5) : 850-859.
Glatz M, et al : L’utilisation d’émollients altère la barrière cutanée et les microbes chez les nourrissons à risque de dermatite atopique. PlosOne 2018 ; 13(2) : e0192443.
Bufford JD, et al. : Effets de la possession d’un chien dans la petite enfance sur le développement immunitaire et les maladies atopiques. Clinical & Experimental Allergy 2008 ; 38(10) : 1635-1643.
Roduit C et al. Le contact prénatal avec les animaux et l’expression génétique des récepteurs de l’immunité innée à la naissance sont associés à la dermatite atopique J Allergy Clin Immunol 2011;127(1):179-857.
Étude ProRAD, www.ck-care.ch/en/ck-care- étude prorad/déroulement de l’étude
Verbanic S, et al : Microbial predictors of healing and short-term effect of debridement on the microbiome of chronic wounds. NPJ Biofilms Microbio 2020 ; 6 (1).
Warner AB, McQuade JL : Modifiable Host Factors in Melanoma : Emerging Evidence for Obeisity, Diet, Exercise and the Microbiome. Curr Oncol Rep 2019 ; 21(8) : 72.
Myers B, et al : The gut microbiome in psoriasis and psoriatic arthritis. Best practice & Research Clinical Rheumatology. Best Practice & Research Clinical Rheumatology 2019 ; 33(6) : 101494.
Aykut B, et al : Le mycobiome fongique favorise l’oncogenèse pancréatique via l’activation de MBL. Nature 2019 ; 574(7777) : 264-267.
Grice EA, Segre JA : Le microbiome de la peau. Nat Rev Microbiol 2011 ; 9(4) : 244-253.