Comparaison des méthodes de diagnostic moléculaire et des méthodes conventionnelles

Une équipe de recherche internationale, avec la participation des hôpitaux universitaires de Lausanne et de Zurich, a comparé différentes méthodes de diagnostic dans une étude rétrospective à grande échelle. En accord avec les résultats empiriques précédents, la conclusion de l’étude est que les méthodes moléculaires sont supérieures aux diagnostics fongiques conventionnels en cas de suspicion d’onychomycose.

Avec une prévalence estimée à 4-9% dans la population générale, les onychomycoses sont la cause la plus fréquente d’un aspect anormal de l’appareil unguéal [1,2]. Une identification rapide et fiable de l’agent pathogène est essentielle pour mettre en place le traitement approprié le plus rapidement possible. Par rapport aux méthodes de diagnostic conventionnelles, les méthodes moléculaires sont plus rapides et présentent une plus grande précision dans l’identification des espèces. Les outils de diagnostic moléculaire actuellement disponibles se distinguent principalement par les méthodes d’extraction de l’ADN, les amorces PCR utilisées ainsi que les produits d’analyse PCR [3]. Par rapport aux méthodes de diagnostic conventionnelles, les méthodes moléculaires sont plus rapides (résultat en un jour) et présentent une plus grande précision, ce qui est très intéressant pour une utilisation en pratique clinique [4].

Microscopie à fluorescence et culture de champignons vs. séquençage PCR

Au total, 16 094 échantillons d’ongles ont été examinés par microscopie à fluorescence directe [1]. En outre, deux cultures de champignons ont été obtenues à partir de chaque échantillon en utilisant la gélose Sabouraud-Dextrose avec chloramphénicol (50 μg/mL) et chloramphénicol plus cycloheximide (400 μg/mL). Des éléments fongiques ont été détectés dans 68,1% des échantillons d’ongles par microscopie à fluorescence directe ; par culture fongique, le taux de détection était de 28,7%. Les deux méthodes présentaient une concordance globale de 58,4%. La majorité des résultats divergents résultaient d’échantillons positifs en microscopie directe, mais négatifs en culture fongique. Pour un total de 59,5% des échantillons dans lesquels des éléments fongiques ont été détectés par microscopie à fluorescence, la culture fongique s’est révélée négative. Parmi les patients dont la culture fongique était positive, les dermatophytes représentaient la plus grande part (47,9%), Trichophyton rubrum étant l’agent pathogène le plus fréquent, suivi par les “moules non dermatophytes” (NDM) (29,1%), les levures (21,8%) et les infections mixtes (1,2%). Dans 1148 cas, le diagnostic fongique conventionnel par microscopie à fluorescence et culture de champignons s’est avéré insuffisant, ce qui a conduit à recourir à un diagnostic moléculaire supplémentaire (tableau 1) [1].

La culture de champignons n’a détecté des pathogènes fongiques que dans 21,8% des cas, montrant ainsi une faible sensibilité, alors que le séquençage PCR s’est avéré clairement supérieur avec un taux de détection de 63,5%. La répartition de la fréquence des différents éléments fongiques identifiés par séquençage PCR était la suivante : NDMs 67,6%, levures 26%, dermatophytes 4,8% et infections mixtes 1,6%.

Littérature :

1. Pospischil I, et al : Identification of Dermatophyte and Non-Dermatophyte Agents in Onychomycosis by PCR and DNA Sequencing-A Retrospective Comparison of Diagnostic Tools. Journal of Fungi 2022 ; 8(10) : 1019.
2. Sigurgeirsson B, Baran R : La prévalence de l’onychomycose dans la population mondiale – Une étude de la littérature. JEADV 2014 ; 28 : 1480-1491.
3. Verrier J, Monod M : Diagnostic de la dermatophytose à l’aide de la biologie moléculaire. Mycopathologia 2017 ; 182 : 193-202.
4. Petinataud D, et al : Diagnostic moléculaire de l’onychomycose. J Mycol Med 2014 ; 24 : 287-295.

DERMATOLOGIE PRATIQUE 2023 ; 33(1) : 39