Le dépistage précoce du cancer du sein offre toujours les meilleures chances de guérison. La mammographie est la référence en matière de dépistage, mais elle est soumise à des contraintes techniques, logistiques et diagnostiques. C’est pourquoi les recherches se poursuivent à un rythme soutenu pour mettre au point différentes méthodes de dépistage afin de détecter la maladie le plus tôt possible.
Un test sanguin efficace et précis pour détecter les premiers stades de la maladie devrait augmenter le taux de détection précoce du cancer du sein. Une série d’études sur les lipides a donc été menée chez des patientes atteintes d’un cancer du sein à un stade précoce et les ensembles de données ont été combinés à l’aide d’une analyse basée sur l’apprentissage automatique afin de vérifier si ces profils peuvent détecter le cancer du sein dans le plasma [1]. Des échantillons de sang ont été prélevés chez des femmes atteintes d’un cancer du sein de stade 0-IV (4 cohortes distinctes) et chez des témoins sans cancer du sein dont l’âge et l’IMC ont été ajustés. Les lipides des vésicules extracellulaires enrichies en plasma ont été extraits et analysés par LC-MS de masse précise et à haute résolution. Un logiciel disponible dans le commerce a été utilisé pour annoter et quantifier >400 espèces de lipides curatées manuellement. Après une sélection de variables, une signature lipidique a été identifiée, permettant de distinguer les échantillons de cancer du sein des échantillons témoins. Les échantillons de plasma de femmes atteintes d’un cancer du sein ont été distingués des témoins avec une précision moyenne validée croisée de 0,81 et une AUC moyenne de 0,84 sur 4 cohortes. Un sous-groupe inter-cohorte optimisé d’IDC, de DCIS et d’ILC au stade précoce a été distingué des témoins avec une AUC à validation croisée de 0,90, une sensibilité de 0,88 et une spécificité de 0,82 (201 cancers du sein au stade précoce, 199 témoins). Pour cette cohorte optimisée, notre test a atteint une sensibilité de 0,71 pour une spécificité prescrite de 0,90 et une sensibilité de 0,89 pour une spécificité prescrite de 0,80. En conséquence, l’étude a pu montrer une sensibilité et une spécificité élevées d’une signature de biomarqueur lipidique ayant un potentiel pour la détection précoce du cancer du sein.
Quand l’utilisation des bisphosphonates est indiquée
L’amplification du facteur de transcription du gène MAF a été associée à une augmentation des métastases osseuses dans le cancer du sein. En outre, il a été démontré que les patientes sans amplification du MAF dans la tumeur primaire sont plus susceptibles de bénéficier de bisphosphonates adjuvants. Une signature génomique pourrait identifier les patients qui ne présentent pas d’amplification du MAF comme candidats aux bisphosphonates adjuvants. Des gènes susceptibles de prédire le statut d’amplification du MAF ont donc été étudiés [2]. L’amplification du MAF étant associée à un risque élevé de métastases osseuses, une signature de 70 gènes pour le risque de récidive à distance (MammaPrint/MP) et une signature de 80 gènes pour le sous-typage moléculaire (BluePrint/BP) ont été utilisées pour stratifier les groupes de patients. Au total, 166 patients atteints de CB ont été inclus dans cette cohorte pilote. Une hybridation in situ par fluorescence a été réalisée pour détecter le nombre de copies du MAF. Un rapport signal/noyau (SNR) de ≥2,5 a été utilisé comme valeur limite pour le MAF amplifié (MAF+). L’analyse différentielle de l’expression génique a été réalisée avec R limma en utilisant les données de microarray du génome entier. MAF+ et MAF- (SNR<2,5) ont été comparés chez tous les patients et chez les patients appariés selon MP/BP afin d’équilibrer les groupes à haut risque. Les gènes exprimés de manière différentielle (DEG) ont été définis comme un changement de pli absolu ≥2 et une valeur p ajustée <0,05. La prédiction de l’amplification du MAF sur la base de l’expression génique a été réalisée à l’aide d’une métrique basée sur la corrélation avec un kit d’entraînement, ainsi qu’avec 1179 patients CB de stade I-III issus de l’étude FLEX (NCT03053193), qui comprend des tests MP/BP et des données transcriptomiques complètes.
Sur les 166 patients, 12% étaient MAF+ et 88% MAF-. Parmi les patients MAF+, 95% étaient des patients MP à haut risque, comme on pouvait s’y attendre en raison de l’association entre l’amplification du MAF et les métastases osseuses, contre 29% des patients MAF-. Il convient de noter qu’il n’y avait pas de corrélation significative entre l’amplification et l’expression du gène MAF, ce qui souligne l’importance d’utiliser d’autres gènes pour prédire l’amplification du MAF. En comparant le transcriptome complet des patients MAF+ et MAF-, 48 DEG ont été trouvés. À partir des comparaisons MP/BP, des gènes présentant une modification de ≥2 fois ont été inclus dans le groupe final de 57 gènes, avec un enrichissement des gènes codant pour les ligands de chimiokine C-X-C et la protéine de liaison au calcium S100. Le classificateur de 57 gènes pour le statut MAF a obtenu une précision de 92%, une spécificité de 94% et une sensibilité de 75% dans le groupe d’entraînement. Il est intéressant de noter que l’application du classificateur à la cohorte FLEX a permis d’identifier 12% de cas MAF+, comme dans le groupe de formation.
Congrès : ASCO Annual Meeting
Littérature :
- Kehelpannala C, Pascovici D, Li D, et al : Détection du cancer du sein au stade précoce chez la femme par profilage lipidomique du plasma. J Clin Oncol 40, 2022 (suppl 16 ; abstr 554)
- Nasrazadani A, Gomez Marti JL, Hyder T, et al : Investigation of a genomic signature for transcription factor MAF gene amplification and lack of bisphosphonate benefit in early breast cancer. J Clin Oncol 40, 2022 (suppl 16 ; abstr 559).
InFo ONKOLOGIE & HÄMATOLOGIE 2022 ; 10(3) : 20 (publié le 20.6.22, ahead of print)
