Antes de iniciar a terapia, os pacientes com GIST devem ser discutidos num quadro interdisciplinar de tumores. Para risco intermédio a elevado de recaída, a terapia imatinibular adjuvante deve ser considerada após a ressecção. Os pacientes com GIST metastásico beneficiam de inibidores de tirosina cinase e intervenções locais.