Die Behandlung von Harnwegsinfekten hängt davon ab, ob es sich um einen unkomplizierten oder komplizierten Infekt handelt. Deshalb sind eine sorgfältige Anamnese und Abklärung unumgänglich. Eine unkomplizierte Zystitis bei einer Frau kann, sofern keine schweren Symptome bestehen, versuchsweise ohne Antibiotikum angegangen werden, denn die Spontanheilungsrate liegt bei 25–40%. Bei einer Antibiotikatherapie müssen die zunehmenden Resistenzen beachtet werden. Eine urologische Abklärung wird bei komplizierten und rezidivierenden Harnwegsinfekten sowie bei allen Harnwegsinfekten von Männern empfohlen.
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