Zu einer breitflächigeren Anwendung kam die Stuhltransplantation 2011, seitdem ist sie von den amerikanischen Gesundheitsbehörden zur Therapie von Clostridium difficile-Infektionen zugelassen. Bei derartigen Indikationen ist sie bei Antibiotika-resistenten und rezidivierenden Infektionen die Therapie der Wahl.