Liegen bei Refluxbeschwerden Alarmsymptome vor, sollte eine Ösophagogastroduodenoskopie durchgeführt werden. Die Therapie erfolgt primär mittels Protonenpumpen-Inhibitoren (PPI). Probatorisch ist sie dann vertretbar, wenn keine Alarmsymptome vorliegen. Gemäss neueren Studien scheint die PPI-Therapie dem chirurgischen Vorgehen leicht überlegen. Ein Ulkus kann nur in der oberen Panendoskopie diagnostiziert werden. Auch hier sieht die Behandlung eine mehrwöchige PPI-Therapie vor, wobei daneben nach der Ulkusursache gesucht und diese beseitigt werden muss. Die Testung auf Helicobacter pylori kann invasiv oder nicht-invasiv erfolgen, in jedem Fall ist eine Eradikation anzustreben.